《计算机信息系统使用管理规定》讲解了涉密计算机信息系统应独立由主管部门或单位管理和使用的必要性，并明确指出，该类系统不得以任何形式连接到国际互联网，需要物理隔离。《计算机信息系统使用管理规定》描述了在与国际网络相连的计算机中严禁存储、处理或传递涉及国家秘密的信息，公众网络也不能发布或传播此类机密内容。《计算机信息系统使用管理规定》指出了对于诸如磁盘、磁带、光盘之类的秘密数据、资料载体，需严格按照相关“三密”文件的要求进行操作，涉及借阅、使用、复制、传递等一系列环节都要做好登记。《计算机信息系统使用管理规定》还明确了曾存储过国家机密信息的计算机媒体不能下调其密级，并提出维修时要确保信息安全，在废弃这些媒体前要按规定销毁。此外，文件强调上网信息的保密按照“谁上网谁负责”的原则执行，同时强调信息内容必须经单位领导批准。
《计算机信息系统使用管理规定》适用于各企事业单位及政府机关等涉及国家秘密和关键数据保护的场所，主要覆盖计算机信息系统的管理部门及直接操作人员。具体适用范围涵盖从事计算机信息系统运行管理、网络安全维护、数据存储、传递和销毁的工作人员，尤其针对需要频繁处理或接触国家机密、商业机密及敏感数据的单位或部门，旨在强化相关人员对国家秘密信息的保密意识并确保信息安全。
